麻竹是一种木本丛生竹，生长十分迅速，广泛种植于南方地区，是重要的笋材两用竹。特别是在竹子基因功能研究技术系统中，麻竹具有比较成熟的基因过表达体系(Qiao et al. 2014; Ye et al. 2017)以及CRISPR-Cas9基因编辑技术(Ye et al. 2020)，因此麻竹适合作为竹子基因功能研究的材料。然而麻竹基因组较大，倍性复杂，因此其染色体水平的基因组学研究尚未报道。
近日，福建农林大学林学院竹资源高效培育与利用协同创新中心团队在Journal of Integrative Plant Biology在线发表了题为“Allele-aware chromosome-scale assembly of the allopolyploid genome of hexaploid Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)”的研究论文，主要利用PacBio平台，并结合Hi-C技术，采用ALLHiC算法(Zhang et al. 2019)组装得到染色体水平的六倍体麻竹分型基因组，该基因组代表了目前已报道竹种中最大的基因组。
麻竹三套亚基因组的染色体水平共线性关系
本研究将麻竹组装成三个分型亚基因组，基于转录组信息，并结合相似性和从头预测等方法对麻竹三个分型亚基因组共注释了135,231个蛋白质编码基因，识别了分型染色体之间存在大量遗传变异，并初步探究了散生竹和丛生竹之间的宏观共线性关系及部分微观共线性的差异。为研究亚基因组的进化关系及等位特异性表达奠定了基础。
福建农林大学林学院竹资源高效培育与利用协同创新中心郑郁善教授和海峡联合研究院林学中心顾连峰教授为该论文的共同通讯作者。林学院博士生杨德明、荣俊东、陈礼光副教授、园林学院副教授陈凌艳、何天友参与了实验部分工作。林学中心高宇帮博士、张航晓副教授、王汇源、杨永康等研究生参与了生物信息学分析工作。特别感谢中国农业科学院深圳农业基因组所张兴坦教授和广西大学陈玲玲教授团队在分型分析中提供的指导。该研究得到了国家重点研发项目和林学高峰等项目的资助。
参考文献
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