本方向针对经济发达地区重金属等污染加剧的环境问题，通过调查我国东南沿海地区稻米重金属污染特征，初步评价了我国稻米重金属污染特征和安全风险，发现镉、砷是研究区域稻米的重要污染源，并分离筛选镉螯合菌和砷氧化菌等用于重金属污染土壤的生物修复机理研究与应用。针对福建地处东南沿海，发展海洋经济的战略需求，以水产病原微生物为对象，利用蛋白质组学、代谢组学等多组学技术与分子生态学方法，系统研究水产养殖与沿海滩涂养殖中病原微生物的耐药机制，探索新的抑菌和耐药监测策略，为了解病原微生物的生理功能与调控机制提供理论依据。同时研究了海洋细菌和噬菌体的多样性和环境适应机制以及细菌-噬菌体相互作用过程与机制，解析海洋噬菌体在微生物生态系统和海洋物质和能量循环中的潜在功能和影响，为研究海洋噬菌体在海洋生态动力循环过程中的调控机制提供理论基础和参考模型。研究成果获国家发明专利授权6项，制定福建省地方标准1项，发表 SCI收录40余篇。