闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室是全国首个由两岸高校合作共建的国家重大创新平台，于2016年8月正式获得科技部和福建省人民政府批准，依托福建农林大学，并协同福建省农业科学院、台湾中兴大学等单位共同建设。实验室围绕闽台作物安全生产和食品安全等科学问题，按照“区域急需、国际领先”的要求，福建农林大学协同福建省农业科学院、台湾中兴大学等单位，围绕以水稻、蔬菜和茶叶为主的闽台特色作物重要有害生物生态防控的关键问题，从作物抗性机理与抗性育种、作物病害致病机理与生态防控、作物害虫灾变机理与生态防控3个方向开展研究。由“国家杰出青年基金”获得者李毅教授任实验室主任，周顺桂、徐尧辉、侯有明、魏太云、吴建国、张建福、叶大鹏、沈必胜（常务）任实验室副主任。实验室现有固定人员151人，其中中科院院士2人，全国杰出专业技术人才2人，“千人计划"专家2人，国家“万人计划”领军人才2人，教育部“长江学者”2人，国家有突出贡献中青年专家4人，国家“百千万人才工程”人选8人，国家杰出青年基金获得者3人，国家优秀青年基金2人，国家科技进步奖获得者3人，何梁何利基金科学与技术进步奖获得者2人，科技部中青年科技创新领军人才2人，教育部“创新团队”带头人1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选1人，全国农业科研杰出人才1人，全国优秀教师4人，全国优秀科技工作者2人。

成立至今，获批国家自然科学基金、国家重点研发计划等国家级研究项目共计148项，总经费共计12176.55万元。以实验室为第一单位在Nature Reviews Immunology、Nature Genetics、Nature Communications等杂志上发表SCI论文275篇，中文论文49篇。先后获得省部级奖项17项。在国内外出版专著9部，获得专利授权 86 项，其中发明专利 50 项。负责制定新品种18项，专利转化共计5项。先后举办了海峡两岸植物保护博士后论坛暨青年学术研讨会、第五届植物生物互作国际会等22场国内外学术会议。