实验室依托福建农林大学、中国农业大学和南京农业大学建设，是相对独立运行的科研实体。实验室实行理事会领导下的主任负责制，成立室务委员会，共同制定日常决策。成立全国重点实验室党总支，发挥党建引领作用，筑牢战斗堡垒。组建由三校分管科研的副校长等组成的运行管理委员会，统筹协调三校科研、平台和人力资源的管理。聘请本领域高水平专家组成学术委员会，对实验室的发展进行指导。下设联合办公室，负责实验室的科研服务、人事服务、财务服务、学生管理等日常事务。