实验室以福建农林大学牵头、联合福建省农业科学院和台湾中兴大学共同建设，实行管理委员会领导下的实验室主任负责制，负责制定实验室的规章制度、建设规划、开放政策和方式等。实验室设立学术委员会。

目前实验室主任为李毅教授。