（1）办公室：负责行政、人事、后勤等方面的工作。包括日常管理、研究院各类人员（固定人员、客座人员）的管理和资源配置，各类项目（含政府资助、横向课题、企事业单位委托课题、研究院开放课题等）的管理、档案资料管理、实验室管理等，制定中心规章制度及各项计划，中心内外联络、协调与沟通等工作。

（2）研究开发部：负责水土保持关键性技术的创新性研究。下设三个研究室：水土流失成因规律研究室、水土流失治理与评价研究室、水土保持与区域发展研究室。

（3）研究生部：负责研究院博士、硕士研究生及本科生的日常管理工作，包括组织国内外学术交流、国际会议和开放课题的申报与评审等。

（4）社会服务部：负责组织技术培训，建设示范基地，开展地方合作，根据地方的需求向地方提供新技术；促进成果转化，将科技成果快速转化成生产力。

（5）野外实验站：负责野外生态综合治理径流场、生态科教园、生态产业园等管理。